Giữa mỗi hội nghị, Phong trào không liên kết do một Tổng thư ký được bầu tại cuối kỳ họp trước vận hành. Vì một phần đáng kể công việc của phong trào được thực hiện tại Liên Hiệp Quốc ở New York, đại sứ tại Liên Hiệp Quốc của quốc gia chủ tịch được mong đợi sẽ bỏ thời gian và nỗ lực cho các vấn đề liên quan đến Phong trào không liên kết. Một Ủy ban Phối hợp, cũng đặt tại Liên Hiệp Quốc, là cơ quan chính chỉ đạo công việc của các đơn vị sự nghiệp, ủy ban và nhóm làm việc của phong trào.